Согласно ст. 3 Соглашения при импорте товаров на территорию одного государства – участника таможенного союза с территории другого государства – участника таможенного союза косвенные налоги взимаются налоговыми органами государства-импортера, если иное не установлено законодательством этого государства в части товаров, подлежащих маркировке акцизными марками (учетно-контрольными марками, знаками). Косвенные налоги не взимаются при импорте на территорию государства – участника таможенного союза товаров, которые в соответствии с законодательством этого государства не подлежат налогообложению при ввозе на его территорию.

Статьей 4 Соглашения установлено, что порядок взимания косвенных налогов и механизм контроля за их уплатой при экспорте и импорте товаров осуществляются в соответствии с отдельным протоколом, заключаемым между Сторонами.

Пунктом 1 ст. 2 Протокола о порядке взимания косвенных налогов и механизме контроля за их уплатой при экспорте и импорте товаров в таможенном союзе, принятого решением Межгосударственного Совета Евразийского экономического сообщества от 11 декабря 2009 г. № 26 «О международных договорах и иных нормативных актах по реализации основных положений Соглашения о принципах взимания косвенных налогов при экспорте и импорте товаров, выполнении работ, оказании услуг в таможенном союзе от 25 января 2008 года» (далее – Протокол), установлено, что взимание косвенных налогов по товарам, импортируемым на территорию одного государства – члена таможенного союза с территории другого государства – члена таможенного союза, если иное не установлено настоящим Протоколом, осуществляется налоговым органом государства – члена таможенного союза, на территорию которого импортированы товары, по месту постановки на учет налогоплательщиков – собственников товаров, включая налогоплательщиков, применяющих специальные режимы налогообложения.