Функционирование свободной таможенной зоны прекращается в т.ч. с даты согласования решения администрации свободной экономической зоны об определении для иного резидента пределов территории свободной таможенной зоны.

Положением о свободных таможенных зонах, созданных на территориях свободных экономических зон, утвержденным Указом Президента Республики Беларусь от 31 января 2006 г. № 66, определены следующие случаи прекращения функционирования свободной таможенной зоны:

Такое решение может быть принято по заявлению владельца СТЗ (в т.ч. после реализации им его инвестиционного проекта), в связи с лишением владельца СТЗ или утратой им статуса резидента СЭЗ, по ходатайству Государственного таможенного комитета Республики Беларусь в администрацию СЭЗ (в случае выявления фактов неоднократного совершения владельцем СТЗ нарушений таможенного законодательства), в иных случаях невозможности сохранения СТЗ.