Соглашение определяет порядок зачисления и распределения между бюджетами Республики Беларусь, Республики Казахстан и Российской Федерации сумм ввозных таможенных пошлин, уплаченных резидентами данных стран при декларировании ввезенных товаров. При этом Соглашение распространяется также на уплаченные суммы пеней и процентов, начисленных на сумму ввозных таможенных пошлин.

Следует отметить, что Соглашение условно можно разделить на два блока: первый определяет некоторые особенности уплаты ввозных таможенных пошлин, обязательные для всех плательщиков на территории таможенного союза, а второй регламентирует взаимоотношения между уполномоченными органами, осуществляющими кассовое обслуживание исполнения бюджета (в качестве которого в Беларуси выступает Главное государственное казначейство Министерства финансов Республики Беларусь, в Казахстане — Комитет казначейства Министерства финансов Республики Казахстан, в России — Федеральное казначейство Российской Федерации), и таможенными органами по распределению между бюджетами Республики Беларусь, Республики Казахстан и Российской Федерации сумм ввозных таможенных пошлин.